Curso El río Vítor no nace de un manantial o glaciar directo, sino que se origina a partir de la confluencia de dos ríos importantes de la región en la localidad de Palca, a unos 1.475 m de altitud. En concreto, se forma por la unión del río Chili (que atraviesa la ciudad de Arequipa) por su margen izquierda y el río Yura por su margen derecha. Tras su formación en Palca, el río recorre aproximadamente 80 a 90 kilómetros en dirección suroeste a través de un valle encajonado pero fértil. Su curso como "río Vítor" concluye en la localidad de Huañamarca, donde confluye con el río Siguas (o Sihuas). A partir de este punto de unión, el cauce principal pasa a denominarse río Quilca durante sus últimos 23,5 kilómetros hasta llegar al mar.